1985年2月、三井康憲牧師が教会の代表役員としてに招かれ、 日本宣教のビジョンをいだいて東京の四谷で牧会を始める。 同年5月に職安通りにある旧会堂に移転し、 日本全国に20カ所を越える支教会（枝教会）を開拓し独立させている。 1990年10月に、正しい聖書信仰と聖霊運動、日本福音化とアジア宣教を掲げて 名称を宗教法人東京中央教会と改め、神の御旨のみを忠実に行う教会 として新たな歩みを始める。 1996年の9月に新会堂が完成し移転、同年12月には入堂礼拝を行う。 また、働き人養成のために東京中央神学院?大学院（超教派）も 1990年10月に設立して日本とアジアの福音化の為に働いている。 1998年度より米国ルイジアナバプテストユニバーシティ(LBU)との提携により学位の取得もできる。
